之前我问了一个类似的问题,但没有得到有用的答复,所以我会努力让事情变得更清楚.
我正在寻找的是对某个linux命令运行多线程或最好是多处理方法.如果有人熟悉Picard,我想在bam文件上运行早期版本,同时在同一个bam文件上运行更新版本.我们的想法是测试新版本的速度有多快,以及它是否给出了相同的结果.
我的主要问题是我不知道如何在Popen命令上实现多处理.例如.
cmd1 = ['nice','time','java','-Xmx6G','-jar','/comparison/old_picard/MarkDuplicates.jar','I=/comparison/old.bam','O=/comparison/old_picard/markdups/old.dupsFlagged.bam','M=/comparison/old_picard/markdups/old.metrics.txt','TMP_DIR=/comparison','VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT','ASSUME_SORTED=true']
cmd2 = ['nice','/comparison/new_picard/MarkDuplicates.jar','I=/comparison/new.bam','O=/comparison/new_picard/markdups/new.dupsFlagged.bam','M=/comparison/new_picard/markdups/new.metrics.txt','ASSUME_SORTED=true']
c1 = subprocess.Popen(cmd1,stdout=subprocess.PIPE)
c2 = subprocess.Popen(cmd2,stdout=subprocess.PIPE)
然后我有一个计时器功能：
def timeit(c):
past = time.time()
results = [c.communicate()]
present = time.time()
total = present - past
results.append(total)
return results
我想要做的是：
p = Process(target=timeit,args=(c1,c2))
p.start()
p.join()
但是我得到“Popen object is iterable”错误.有没有人比我现在拥有更好的主意？我不想在一个完全不同的方向走,只能撞到另一面墙.总之我想在一个cpu上运行c1而在另一个c2上同时运行c2,请帮忙！
最佳答案
而不是传递subprocess.Popen(它将在首次定义时以串行方式而不是并行方式运行它们),传递命令：
import time
import subprocess
from multiprocessing import Process
cmd1 = ['nice','ASSUME_SORTED=true']
def timeit(cmd):
print cmd
past = time.time()
p = subprocess.Popen(cmd,stdout=subprocess.PIPE)
results = [p.communicate()]
present = time.time()
total = present - past
results.append(total)
return results
p1 = Process(target=timeit,args=(cmd1,))
p2 = Process(target=timeit,args=(cmd2,))
for p in (p1,p2):
p.start()
for p in (p1,p2):
p.join()
ETA：虽然上述解决方案通常是进行多处理的方法,但@ Jordan完全正确,你不应该使用这种方法计算两个版本的软件.为什么不顺序运行它们？