经过几番清除，安装，都没有解决，折腾一天后终于发现问题了。

原来sqlite在centos x64系统下的组件目录在usr/lib64/libsqlite3.so.0.8.6，而新安装的sqlite3则放到了 usr/local/lib下，没有覆盖到lib64下，而lib64下却是有优先权，造成编译和运行不能统一版本。可以用新安装的usr/local/libsqlite3.so.0.8.6覆盖usr/lib64/libsqlite3.so.0.8.6，重启下可以解决了。网上有种说法是直接删掉lib64下的老版本，我不敢试，不管是yum还是rpm都依赖这个组件，万一出错很要命。