(1)我必须安装一个
python包(HTSeq),但我没有root权限.
该软件包需要python 2.4或最新版本.我们的集群上有python 2.3.
因此我在我的一个本地目录上安装了python 2.7
运用
./configure --prefix=/home/amit/tools/localpython make make install
(2)该软件包还需要numpy：所以我也使用以下方法将它安装在我的本地目录中：
/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 setup.py install --home=/home/amit/tools/localnumpy
并做了
>>> sys.path.append("/home/amit/tools/localnumpy/lib/")
(3)我下载了HTSeq的tar文件(我想下载)并运行
/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 setup.py install --home=/home/amit/tools/localhtseq
它抛出以下错误：
Could not import 'setuptools',falling back to 'distutils'. Setup script for HTSeq: Failed to import 'numpy'. Please install numpy and then try again to install HTSeq.
请告诉我如何克服它的一些提示
提前致谢
解决方法
Setuptools是安装该软件包所需的另一项要求.
一种选择是使用virtualenv来创建一个包含的python环境.这可以在任何地方进行,并由创建它的用户拥有.
要在没有管理员权限的情况下安装virtualenv(从this answer开始)：
下载最新版virtualenv的tar.gz.
打开包装.
您甚至不需要安装它,只需运行virtualenv.py,例如：
wget http://pypi.python.org/packages/source/v/virtualenv/virtualenv-1.7.1.2.tar.gz tar -xzf virtualenv-1.7.1.2.tar.gz /home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 virtualenv-1.7.1.2/virtualenv.py env env/bin/pip install HTSeq env/bin/pip install numpy
现在使用虚拟环境中的python二进制文件运行脚本：
env/bin/python myscript.py
