$("#selector").clone().prop({ id: "newId",name: "newName"});

在您添加它们之前,DOM中不存在克隆元素,因此在您执行此操作之前,您不必担心重复的ID.

示例：http://jsfiddle.net/BbpRA/

更新：在评论中,您说您需要克隆20个输入.我将创建一个获取DOM元素和新id和名称的函数.你甚至可以制作一个小插件：

(function($) {
    $.fn.cloneWithProperties = function (properties) {
        return this.clone().prop(properties);
    };
})(jQuery)

用法：

$("#selector").cloneWithProperties({ id: "newId",name: "newName" });