我今天在R代码中意识到了一种奇怪的行为.
我尝试了一个包{boot.StepAIC},其中包含一个用于AIC逐步回归结果的bootstrap函数.但是我认为统计背景不是问题(我希望如此).
我可以使用R顶层的函数.这是我的示例代码.
我尝试了一个包{boot.StepAIC},其中包含一个用于AIC逐步回归结果的bootstrap函数.但是我认为统计背景不是问题(我希望如此).
我可以使用R顶层的函数.这是我的示例代码.
require(MASS) require(boot.StepAIC) n<-100 x<-rnorm(n); y<-rnorm(n,sd=2); z<-rnorm(n,sd=3); res<-x+y+z+rnorm(n,sd=0.1) dat.test<-as.data.frame(cbind(x,y,z,res)) form.1<-as.formula(res~x+y+z) boot.stepAIC(lm(form.1,dat.test),dat.test) # should be OK - works at me
但是,我想把它包装在一个自己的函数中.我将数据和公式传递给该函数.但我在boot.stepAIC()中遇到错误：
the model fit Failed in 100 bootstrap samples Error in
strsplit(nam.vars,“:”) : non-character argument
# custom function
fun.boot.lm.stepAIC<-function(dat,form) {
if(!inherits(form,"formula")) stop("No formula given")
fit.lm<-lm(formula=form,data=dat)
return(boot.stepAIC(object=fit.lm,data=dat))
}
fun.boot.lm.stepAIC(dat=dat.test,form=form.1)
# results in an error
那错误在哪里？我想它必须与当地和全球环境有关,不是吗？
解决方法
使用
anova test fails on lme fits created with pasted formula中的do.call提供了答案.
boot.stepAIC在函数内运行时无权访问表单;可以像这样在全球环境中重建;我们看到lm使用form.1作为公式,并且删除它使boot.stepAIC失败.
> form.1<-as.formula(res~x+y+z) > mm <- lm(form.1,dat.test) > mm$call lm(formula = form.1,data = dat.test) > rm(form.1) > boot.stepAIC(mm,dat.test) # same error as OP
使用do.call确实有效.在这里我也使用as.name;否则mm对象会携带整个数据集,而不仅仅是它的名称.
> form.1<-as.formula(res~x+y+z)
> mm <- do.call("lm",list(form.1,data=as.name("dat.test")))
> mm$call
lm(formula = res ~ x + y + z,dat.test)
要将此应用于原始问题,我会这样做：
fun.boot.lm.stepAIC<-function(dat,"formula")) stop("No formula given")
mm <- do.call("lm",list(form,data=as.name(dat)))
do.call("boot.stepAIC",list(mm,data=as.name(dat)))
}
form.1<-as.formula(res~x+y+z)
fun.boot.lm.stepAIC(dat="dat.test",form=form1)
这也有效,但整个数据集都包含在最终输出对象中,最终输出也包含在控制台中.
fun.boot.lm.stepAIC<-function(dat,data=dat)) boot.stepAIC(mm,data=dat) } form.1<-as.formula(res~x+y+z) fun.boot.lm.stepAIC(dat=dat.test,form=form.1)