如果使用ASP.NET 4.0(4.5)比您选择使用ScriptManager或ToolkitScriptManager。

基本上，ToolkitScriptManager的主要特点是它可以将使用ScriptReference集合添加到页面的js资源进行组合。这些js文件应该嵌入到程序集中，并且对于此程序集，应添加ScriptCombine程序集属性。这里的主要问题是您无法控制脚本的组合方式，并且在尝试组合自己的脚本后，您可能会遇到很多问题(我有使用此功能的经验，因此我们拒绝使用脚本组合使用这种方法)。

这里的要点是，目前标准的脚本管理器可以使用复合脚本集合来组合脚本。此功能更灵活，更容易控制脚本在页面上的组合方式。可以使用以下链接找到更多信息：http://weblogs.asp.net/infinitiesloop/archive/2009/11/23/asp-net-4-0-scriptmanager-improvements.aspx。

另外请注意，据我所知，如果您使用ToolkitScriptManager，那么您将无法使用CompositeScript功能，甚至可以考虑ToolkitScriptManager派生自ScriptManager。

所以在ASP.NET 4.0中的区别并不是很大，最好避免使用ToolkitScriptManager。主要原因是使用标准的CompositeScript功能，您可以更好地控制脚本的组合方式，并优化页面的渲染。

对于ASP.NET 3.5，如果要使用Ajax Control Toolkit库中的控件，您无需选择。

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通过ajax控件工具箱库中的最新更改，他们继续更新MS Ajax脚本，这就是为什么一些控件在不添加ToolkitScriptManager的情况下无法正常工作。