我正在尝试在远程服务器上的主目录上安装perl模块
Bio::DB::Sam.
我下载了模块,解压缩了文件,然后运行：
perl Build.pl prefix=~/local
接下来会发生什么：
This module requires samtools 0.1.10 or higher (samtools.sourceforge.net). Please enter the location of the bam.h and compiled libbam.a files: **/some_places/samtools-0.1.19** Found /some_places/samtools-0.1.19/bam.h and /some_places/samtools-0.1.19/libbam.a. Created MYMeta.yml and MYMeta.json Creating new 'Build' script for 'Bio-SamTools' version '1.39'
接下来当我尝试运行时：
./Build
这就是我得到的：
Building Bio-SamTools gcc -shared -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -o blib/arch/auto/Bio/DB/Sam/Sam.so lib/Bio/DB/Sam.o c_bin/bam2bedgraph.o -L/some_places/samtools-0.1.19 -lbam -lpthread -lz /usr/bin/ld: /some_places/samtools-0.1.19/libbam.a(bgzf.o): relocation R_X86_64_32 against `.rodata.str1.1' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC /some_places/samtools-0.1.19/libbam.a: could not read symbols: Bad value collect2: ld returned 1 exit status error building blib/arch/auto/Bio/DB/Sam/Sam.so from lib/Bio/DB/Sam.o c_bin/bam2bedgraph.o at ~/perl5/lib/perl5/ExtUtils/CBuilder/Base.pm line 323.
我确实谷歌可能的解决方案并尝试了一对,但他们没有工作,例如–enable-shared OR export CXXFLAGS =“$CXXFLAGS -fPIC”.
我已经在我的主目录上安装了Bioperl.
任何帮助,将不胜感激.
干杯
解决方法
这是一个脚本,它将获取SAMtools源并对其进行编译,然后获取并编译Perl绑定.
wget http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.18/samtools-0.1.18.tar.bz2 tar xjf samtools-0.1.18.tar.bz2 && cd samtools-0.1.18 make CFLAGS=-fPIC export SAMTOOLS=`pwd` cpanm Bio::DB::Sam
您可能看到的部分问题是SAMtools项目最近经历了一些主要的代码重组(这自然使得很难使用外部语言绑定).